Pembentukan daerah otonom di Indonesia sering kali dikaitkan dengan dua hal, yakni bagian dari daerah kerajaan masa lampau dan pembagian daerah menurut aturan kolonial Belanda. Berdasarkan data historis, Boalemo pada abad ke-17 pernah menjadi sebuah daerah kerajaan, wilayahnya mencakup bagian barat Gorontalo. Ketika Belanda berkuasa sistem pemerintahan beberapa kali mengalami perubahan. Dalam Lembaran Negara tahun 1925 Nomor 262, Keresidenan Gorontalo dibagi menjadi dua wilayah pemerintahan, yakni; 1) Onder Afdeling Gorontalo dengan Onder distriknya, meliputi Atinggola, Kwandang, Sumalata, Batudaa, Tibawa, Gorontalo, Telaga, Tapa, Kabila, Suwawa dan Bonepantai, 2) Onder Afdeling Boalemo dengan Onder distriknya, meliputi Paguyaman, Tilamuta dan Paguat.

Pada tahun 1946, ketika Sulawesi menjadi bagian dari Negara Indonesia Timur, keswaprajaan yang tertuang dalam Undang-Undang Nomor 29 Tahun 1959 perihal pemebentukan Daerah Tingkat II di seluruh Sulawesi. Dalam UU ini Boalemo menjadi salah satu kawedanan dalam wilayah Kabupaten Gorontalo. Status kewedanan Boalemo berlaku sampai dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 5 tahun 1974 yang selanjutnya disusul oleh Permendagri Nomor 132 tahun 1978 tentang Pedoman Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Pembantu Bupati/Walikotamadya.

Kemudian bekas Kewedanan Boalemo berubah menjadi Pembantu Bupati Wilayah Kerja Paguat yang meliputi lima kecamatan, yakni ; Paguyaman, Tilamuta, Marisa, Popayato. Menengok sejarah Boalemo pada masa lalu, serta mempertimbangkan jarak kendali pemerintahan Kabupaten Gorontalo yang berpusat di Limboto, maka kemudian berkembang aspirasi pembentukan daerah otonom baru. Apalagi saat itu dukungan telah disuarakan oleh Bupati Gorontalo dan DPRD setempat, juga adanya dukungan dari Gubernur dan DPRD Sulawesi Utara sebelum berpisah Gorontalo menjadi provinsi. Kemudian Presiden RI dan DPR RI menetapkan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 1999, tanggal 4 Oktober 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Boalemo (Lembaran Negara RI tahun 1999 Nomor 178, Tambahan Lembaran Negara RI Nomor 3899).

Kemudian secara resmi Kabupaten Boalemo berdiri setelah diundangkannya pada tanggal 12 Oktober 1999. Pada saat berdiri Kabupaten Boalemo meliputi 5 wilayah kecamatan, yaitu; Kecamatan Paguat, Kecamatan Marisa, Kecamatan Popayato, Kecamatan Paguyaman, Kecamatan Tilamuta,. Melihat perkembangan dan dinamika masyarakat Boalemo yang terjadi, serta Provinsi Gorontalo telah terbentuk maka pada tahun 2003 Boalemo dimekarkan lagi. Pada tanggal 27 Januari 2003 Kabupaten Pohuwato berdiri, wilayah ini tadinya merupakan bagian dari Kabupaten Boalemo yang meliputi Lima kecamatan, yakni:

Lemito,

Marisa,

Paguat,

Popayato, dan

Randangan menjadi wilayah Kabupaten Pahuwato dengan luas ± 4.244,31 km², serta berpenduduk 88.796 jiwa, dengan tingkat kepadatan penduduk 20,92 jiwa /km² pada tahun 1997.

Pembentukan Kabupaten Pohuwato sekaligus mengakhiri polemik ditengah masyarakat Kabupaten Boalemo, sebab di dalam Pasal 7 Undang-Undang Nomor 50 tahun 1999 menyebutkan bahwa Kabupaten Boalemo dalam jangka waktu lima tahun harus memindahkan ibu kotanya dari Tilamuta ke Marisa.

Lambang Daerah Kabupaten Boalemo dimuat dalam bentuk segi Lima, yang melambangkan 5 (lima) Sila Pancasila. Lambang Daerah Kabupaten Boalemo memuat kondisi Geografis dan potensi alam Boalemo antara lain ;

1. Gunung
2. Laut
3. Kelapa
4. Sawah

Dan indentitas Hewan Langka di Kabupaten Boalemo yaitu Burung Maleo Lambang Daerah Kabupaten Boalemo memuat senjata khas masyarakat Boalemo yaitu keris (Bituo); Warna Dasar / Arsir Hijau yang merupakan warna adat (linula) Boalemo melambangkan kesejahteraan Masyarakat Boalemo; Atribut lambang Kabupaten Boalemo memuat symbol padi dan kapas yang melambangkan kesejahteraan Masyarakat Boalemo; Landasan bingkai lambang kabupaten Boalemo bertuliskan Kabupaten Boalemo; Ukuran lambang Kabupaten Boalemo disesuaikan dengan kabutuhan di mana lambang itu akan ditempatkan.

Pemaknaan Simbol Dalam Logo:

1. Gunung: Melambangkan sumber potensi alam ilayah Kabupaten Boalemo
2. Sawah/Ladang: Melambangkan potensi pangan di kabupaten Boalemo
3. Kelapa: Melambangkan salah satu komoditas yang dihasilkan oleh masyarakat Boalemo
4. Laut: Melambangkan Potensi Kelautan dan Perikanan serta Pariwisata
5. Burung Maleo: Melambangkan hewan langka terdapat di kabupaten Boalemo
6. Keris (Bituo): Melambangkan kesiapan dan rasa percaya diri Masyarakat Boalemo.
7. Padi dan Kapas: Melambangkan kesejahteraan Masyarakat sebagai cita-cita kemakmuran masyarakat Boalemo

Pemaknaan Landasan / Bingkai: Landasan / Bingkai yang bertuliskan Kabupaten Boalemo yang ditandai dengan warna hitam di atas putih melambangkan keabsahan Pemerintah (pemerintah Boalemlo)

Pemaknaan Warna Dalam Logo:

1. Hijau melambangkan warna adat ( Linula ) Boalemo yang tidak bisa di ubah-ubah lagi karena warna ini adalah merupakan ciri khas warna jeruk dan menjadi nama keharuman Masyarakat Boalemo.
2. Hijau Tua melambangkan Hukum dan Kekayaan alam
3. Kuning melambangkan kemakmuran Rakyat Indonesia (sebagai cita-cita Masyarakat Boalemo)
4. Biru muda melambangkan langit
5. Biru Tua melambangkan laut
6. Hitam di atas putih melambangkan keabsahan Pemerintah (Pemerintah Boalemo)

1. Periode Tahun 1999 - 2001

2. Periode Tahun 2001 - 2006

VISI

Visi ..............

MISI

Misi ...............

3. Periode Tahun 2007 - 2012

VISI

“MEWUJUDKAN MASYARAKAT BOALEMO YANG DINAMIS, AMAN, SEHAT, CERDAS DAN SEJAHTERA DALAM NUANSA RELIGIUS“.

MISI

1. Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Dinamis.
2. Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Aman.
3. Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Sehat.
4. Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Cerdas.
5. Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Sejahtera.

4. Periode Tahun 2012 - 2017

VISI

TERWUJUDNYA BOALEMO SEBAGAI KABUPATEN PRODUKTIF DAN MANDIRI

MISI

MEMBANGUN MASYARAKAT BOALEMO YANG CERDAS, BERKUALITAS DAN SEJAHTERA

5. Periode Tahun 2017 - 2022

VISI

Visi Visi pemerintah daerah untuk periode RPJMD 2017 - 2022 sesuai dengan Visi Bupati dan Wakil Bupati terpilih adalah: “KABUPATEN YANG DAMAI, CERDAS, SEJAHTERA DALAM SUASANA YANG RELIGIUS TAHUN 2022”

MISI

Misi Dalam rangka mewujudkan Visi Pembangunan Kabupaten Boalemo yang telah ditetapkan diatas, maka ditetapkan Misi pembangunan Kabupaten Boalemo 2017 - 2022 sebagai berikut:

1) Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Damai

2) Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Cerdas

3) Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Sejahtera

4) Mewujudkan Kabupaten Boalemo yang Religius

Batas wilayah

Kabupaten Boalemo terletak pada posisi di antara 00°24'04" - 01°02'30" Lintang Utara (LU) dan 120°08'04" - 122°33'33" Bujur Timur (BT) dengan batas-batas sebagai berikut:

Utara	Laut Sulawesi
Timur	Kabupaten Gorontalo
Selatan	Laut Sulawesi
Barat	Kabupaten Pohuwato

Luas Wilayah

Wilayah yang masuk dalam Kabupaten Boalemo pada saat pemekaran, yakni:

1) Mananggu (536,16 km²)

2) Paguyaman

3) Wonosari (460,80 km²)

4) Tilamuta

5) Dulupi (1.520,40 km²)

total luas 2.517,36 km² tetap sebagai wilayah Kabupaten Boalemo.

Kelima kecamatan di wilayah Kabupaten Boalemo ini pada tahun 1997 diperkirakan berjumlah 94.824 jiwa, dengan tingkat kepadatan sekitar 38 jiwa/km². Sedangkan menurut data yang diperoleh dari Gorontalo Post, tanggal 24 November 2006 (berdasarkan data pemilihan gubernur tahun 2006), jumlah penduduk Kabupaten Boalemo adalah 119,978 jiwa, dengan luas 1,521.88 km² dan tingkat kepadatan penduduk 79 jiwa/km².

Sesuai dengan hasil data Sensus Penduduk 2010 (Mei 2010), luas wilayah Kabupaten Boalemo adalah 2.567,36 km² atau 21,02% dari luas Provinsi Gorontalo, dengan jumlah penduduk 129.177 jiwa, dan tingkat kepadatan penduduk 50,32 jiwa/km².

Menurut data terakhir (September 2011), Kabupaten Boalemo terdiri atas 7 wilayah kecamatan, yaitu: Botumoito, Dulupi, Mananggu, Paguyaman, Paguyaman Pantai, Tilamuta, dan Wonosari, serta 2 kelurahan dan 81 desa.

Hingga saat ini desa yang ada di Kabupaten Boalemo sebagai berikut: Kecamatan Mananggu: (1) Desa Mananggu; (2) Desa Buti; (3) Desa Tabulo; (4) Desa Tabulo Selatan; (5) Desa Kramat; (6) Desa Salilama; (7) Desa Kaaruyan; (8) Desa Bendungan; dan (9) Desa Pontolo. Kecamatan Botumoito: (1) Desa Bolihutu'o; (2) Desa Botumoito; (3) Desa Dulangea; (4) Desa Hutamonu; (5) Desa Patoameme; (6) Desa Potanga; (7) Desa Rumbia; (8) Desa Tapada'a; dan (9) Desa Tutulo. Kecamatan Tilamuta: (1) Desa Ayuhulalo; (2) Desa Bajo; (3) Desa Kecamatan Paguyaman Pantai : (1) Desa Apitalao; (3) Desa Bangga; (4) Desa Bubaa; (5) Desa Bukit Karya; (6) Desa Limbatihu; (7) Desa Lito; (7) Desa Olibu; (8) Desa Towayu.